Ukupno je tri godine u Realu proveo Elvir Baljić, ali za to vrijeme se nije naigrao. Istina, igrao je za B tim i za Rayo Vallecano kao posuđen igrač, a mnogi su danas mišljenja da je Baljića koštala preuranjena smjena na klupi Reala.
U ljeto 1999. Baljić je iz Fenerbahcea prešao u Real i s kraljevskim klubom na kraju sezone osvojio naslov Lige prvaka. Upravo je Fener bio protivnik kojem je Baljić postigao prvijenac za Kraljevski klub.
Bio je 2. august 1999, a Baljić je dubinski pas vješto iskoristio i poentirao. Nažalost, kasnije je bio više na klupi nego u igri.
